Представляете, заработала вкладка с клавиатурой

, точно так же как у вас. То есть если отправлять с пульта серию одинаковых кодов в программу, обрабатывается только первый, последующие игнорируются.
А что касается вашей второй проблемы с чередованием кодов при удержании одной кнопки, я знаю три разных алгоритма работы пультов при удержании кнопок. Возможно в 5000 пультах есть еще такие, которые ранее не попадались - вот что подразумевалось.
Либо такое выдает действительно пульт, либо полученные коды неверно обрабатываются микроконтроллером. Чтобы исключить воздействие программы, попробуйте просмотреть получаемые данные в другом мониторе COM-порта, например в putty.
Если там вы снова увидите чередование кодов, то прошейте приемник старой прошивкой, в которой нет хеширования и снова посмотрите в putty. Если опять чередуются, значит это действительно пульт шлет и стоит поменять программу в пульте на другую.