В принципе, Вы хорошо поняли о чём идёт речь и, да, действительно, контроллёры очень часто мрут, а вот флешки от флешек (тавтология-с...) либо выкидываются, либо валяются мёртвым грузом.

Про сайт знаю. В своё время даже занимался колдовством по подбору таких утилит. Занятие, я вам скажу, ни разу не увлекательное и до боли надоедающее. Даже если искомая утилита найдена, надо ещё очень постараться, что бы "не навредить". Одна 4Гб флешка так и осталась навечно 2Гб...

На данный же момент мне нужно снять дамп с одной флешки (с рабочего устройства) и залить его в аналогичную флешку, где прошивка "повреждена" настолько, что достучаться до устройства иными способами не представляется возможным. С одной стороны, я как раз думал о том, что бы найти USB-флешку-донор, подсадить на неё нужный чип, нашаманить подходящую утилиту... отконфигурировать контроллер и записать дамп в режиме прямой записи (dd в линуксе)... Но от одних воспоминаний о таком процессе дурно становится... Уж лучше бы чего смастерить на Меге8/16/32 (или AT90USB168, чем чёрт не шутит...) и наслаждаться...
Ведь после снятия/заливки дампа останется бесценная возможность применения "мёртвовго груза" в качестве очень полезной вещи.

Через LPT заколебешься считывать, с его-то скоростью...
Вообще во флешке кроме самого чипа памяти стоит еще контроллер (квадратная микросхемка) и все считывание идет через него (так же как и сопряжение с USB). И когда "дохнет" флешка в 6 случаях из 10 виноват именно этот контроллер... (ну или его прошивка )) ).

Я так понял, речь идет именно о разработке прошивки для такого контроллера, а в качестве аппаратной базы будет использоваться AVR? Тогда, возможно, Вам пригодится сайт FlashBoot.ru Там много пишут про восстановление флешек при сбое управляющего МК. Под многие пары МК-FLash есть сервисные утилиты...

Понимаю, что это не совсем ответ на заданный вопрос, но может быть чем-то поможет...

Появилась задача прочесть/записать содержимое 48-ногой флешки (такой, какие ставят в USB-флеш диски).
Как показал даташит, реально задействованных ног в ней пшик. 8 линий адреса/данных и ещё пяток вспомогательных.
Наверняка я не первый, кого интересует работа с таким типом памяти?

В принципе, устроят варианты и без AVR'а (например, какие-нить извращения с LPT), но лучше бы убить двух зайцев - и флешку прочитать/записать и задел на будущее сделать (ибо такие чипов со временем становится всё больше и больше, а объём памяти у них внушительней любой "малоногой" флешки за исключением SD).