Потому что как раз r17 и участвует в процедуре сравнения… мышкой подведи к процедуре, и увидишь результат действий. Но в других случаях участвует и r16 и регистр SREG, так что Евгений тебе дал совет почти от всех граблей такого рода.

Спасибо ребята. R16 и Sreg пробовал эффект был тот же, а вот про R17 не знал. Сейчас все ок.

to Vovka001
Если сам не догадался - сохраняй регистры r16, r17 и SREG в стеке в начале обработки прерывания и восстанавливай их при выходе.

Это не глюк МК, это программа так криво написана… почитай первый пост , там есть ответ.

Использую прерывания по переполнению таймера. В обработки прерывания подсчитываю часы реального времени. Переменные часов это однобайтовые ячейки SRAM. Кроме переменной DS – она двух байтовая.
В основном цикле есть условие которое не должно никогда выполнятся - если R4 = 20 то перейти в подпрограмму Obr. При этом R4 всегда 0. Но, тем не менее, при обработки на кристалле я попадаю в подпрограмму Obr, при этом R4 = 0. И еще, я заметил, если переменную DS сделать однобайтовой то переход в Obr происходит реже.
В чем прикол? Причем данный алгоритм я проверял на разных кристаллах: ATMega88p, ATMega48, ATMega8, ATMega128. И везде одно и тоже…