В общем разобрался я со своей проблемой.
Как я понял проблема оказалась в том что каким то образом изначально были неправильно выставлены Fuse bits в самом МК. И МК работал в режиме совместимости ATMega103С. Меняю конфигурацию, нажимаю запись а конфигурационные биты не записываются. (то есть опять все в галочки восстанавливаются)
Что помогло.
В меню Fuse bits, жмем Reed. Все биты оказываются отмечены галочками. Нас прежде всего интересует M103C. Я его снял, записал, поставил и снова записал. После чего измененная конфигурация нормально записалась и всё заработало.

Такая проблема может относится ко всем контроллерам которые поддерживают совместимость с ATMega103C. Например ATMega64.

И не забываем, что в данной меге для программирования вместо MOSI и MISO используются PDI и PDO (PE0, PE1) то же по началу пришлось разбираться почему не шьётся….

Всё. Вопрос закрыт.

Да. Именно она.

Имеется в виду внутрисхемная отладка в Алгоритм Билдер?

После программирования с монитором висит Waiting for breakpoint…
Программатор USB. Программатор работает – проверил на плате с мегой88. На плате с мегой128 стоит кварц на 4МГц, тактировался и от него и от внутренний RC. Пробовал разные пины для внутрисхмного монитора. Программа заливается без проблем.
С мегой128 работаю в первые может какие особенности есть? В общем кто работал с мегой128 помогите советом.