По совету Евгения, конвертировал Hex файлы в Bin, а затем обратно. В результате всё залилось без проблем.

А так? http://www.getchip.net/posts/028-uniprof-programmiruem-avr-cherez-com-port/
шнурок тот, что и для билдера

Создал тему, потому, что не нашёл похожей.
Предлагаю обсудить загрузчики под AB.
Так получилось, что столкнулся с проблемой
Проблема такая:
1. Делал как написано в статье http://chipenable.ru/index.php/programming-avr/item/140-bootloader-avr-xmega.html
2. Пытался залить прошивку загрузчика по статье с сайта http://www.getchip.net/posts/030-proshivka-hex-fajjlov-iz-algorithm-builder/
Фьюзы выставил без проблем. Но при попытке скомпилировать проект АВ выдаёт ошибку и ничего не заливается. Использовать другой программатор и среду не имею возможности.
Может кто сталкивался с таким?